يقع مسجد الحبيب المصطفى داخل كمبوند دار مصر بمدينة العبور، على مساحة إجمالية تبلغ 6000 متر مربع. يشمل المسجد مصلى للرجال بمساحة 2000 متر ومصلى للسيدات بمساحة 500 متر، بالإضافة إلى غرفة للإدارة ودورات مياه ومرافق خدمية. تم تصميم المسجد على الطراز الإسلامي البسيط ليبعث على السكينة والطمأنينة، وتحيط به مسطحات خضراء ومصليات مفتوحة تُضفي على المكان أجواء روحانية وراحة نفسية للمصلين والزوار.
